常规鉴定内容包括形态特征和生理生化特征。形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应等。

BIOLOG是一种微生物菌种快速鉴定系统，目前可鉴定包括细菌、酵母和丝状真菌在内近3000种微生物,几乎涵盖了所有的人类、动物植物病原菌和食品及环境微生物。

GSICC拥有微生物菌种分类鉴定的分子生物学实验室，配有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统，可采用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及丝状真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。

实时荧光定量PCR仪是特异性靶基因检测与定量的一体化系统，其将PCR热循环、荧光检测和各种应用分析软件结合在一起，可以动态观察PCR每一循环各反应管中PCR扩增产物逐渐增加的情况。根据荧光强度确定PCR产物的定量法主要有荧光染料（SYBR Green I）法和荧光探针（Taqman probes）法。与常规PCR相比，它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度更高等特点。实时荧光定量PCR技术目前已得到广泛应用，包括基于相对定量分析的基因表达分析，以标准曲线为基础的菌株绝对定量分析，定性的PCR扩增后核酸序列的SNP基因型分析，以及以阳性内对照为基础的阳性/阴性结果判定等。